Лихачёв Илья Вячеславович

  1. Лихачев И.В., Балабаев Н.К. Анализатор траекторий молекулярной динамики. // Математическая биология и биоинформатика. 2007. Т. 2. № 1. С. 120-129.
  2. Лихачев И.В., Балабаев Н.К. Анализатор траекторий молекулярной динамики (TAMD) // Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2014612313.
  3. Лихачев И.В., Балабаев Н.К. Построение расширенных динамических контактных карт по данным молекулярно-динамических расчетов. // Математическая биология и биоинформатика. 2009. Т. 4. № 1. С. 36-45.
  4. Басова О.Н., Лихачев И.В. PMS-Diagnostic // Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2012613364.
  5.  Glyakina AV, Likhachev IV, Balabaev NK, Galzitskaya OV. Right- and left-handed three-helix proteins. II. Similarity and differences in mechanical unfolding of proteins. // Proteins. 2014. V. 82. No. 1. P. 90-102.
  6. Лихачев И.В., Галзитская О.В., Балабаев Н.К. Исследование механических свойств C-кадгерина методом молекулярной динамики. // Компьютерные исследования и моделирование. 2013. Т. 5. № 4. С. 727-735.
  7. Лихачев И.В., Глякина А.В., Галзитская О.В., Балабаев Н.К. Анализатор траекторий молекулярной динамики и его применение к изучению механических свойств белков. // CUDA-альманах за октябрь 2014.
  8. Glyakina AV, Likhachev IV, Balabaev NK, Galzitskaya OV. Mechanical stability analysis of the protein L immunoglobulin-binding domain by full alanine screening using molecular dynamics simulations. Biotechnol J. 2015 Mar;10(3):386-94. doi: 10.1002/biot.201400231. Epub 2015 Jan 16. PubMed PMID: 25425165.
  9. Лихачев И.В. Автореферат диссертации «Анализатор траекторий молекулярной динамики и его применение к изучению механических свойств белков». 2014
  10. Лихачев И.В. Диссертация «Анализатор траекторий молекулярной динамики и его применение к изучению механических свойств белков». 2014
  11. Glyakina A.V., Likhachev I.V., Balabaev N.K., Galzitskaya O.V. Mechanical stability analysis of the protein L immunoglobulin-binding domain by full alanine screening using molecular dynamics simulations. Biotechnol J. 2015 Mar;10(3):386-94. doi: 10.1002/biot.201400231. Epub 2015 Jan 16.
  12. Likhachev I.V., Balabaev N.K., Galzitskaya O.V. Available Instruments for Analyzing Molecular Dynamics Trajectories. The Open Biochemistry Journal, 2016, 10: 1-11.
  13. Glyakina A.V., Likhachev I.V., Balabaev N.K., Galzitskaya O.V. Comparative mechanical unfolding studies of spectrin domains R15, R16 and R17. J Struct Biol. 2018 Feb;201(2):162-170. doi: 10.1016/j.jsb.2017.12.003. Epub 2017 Dec 5.
  14. Лихачев И.В., Балабаев Н.К. Использование параллелизма различных уровней в программе моделирования молекулярной динамики PUMA-CUDA. Доклады Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика». Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья № e44. doi: 10.17537/icmbb18.53
  15. Лихачев И.В., Лахно В.Д. Название: Исследование денатурации ДНК на основе модели Пейрарда-Бишопа-Доксуа методом молекулярной динамики. Препринт ИПМ № 232, Москва, 2018
  16. Андреев С.С., Дбар С.А., Лацис А.О., Лихачев И. В., Плоткина Е.А., Фиалко Н.С. Типовая структура программы одномерного моделирования динамики цепочки ДНК и ее схемная реализация. Препринт ИПМ № 171, Москва, 2018.
  17. I.V. Likhachev, V.D. Lakhno. Investigation of DNA denaturation in Peyrard-Bishop-Dauxois model by molecular dynamics method. arXive.org. arXiv:1811.03405, arXiv:1811.03405v1.
  18. I.V. Likhachev, V.D. Lakhno. The direct investigation of DNA denaturation in Peyrard-Bishop-Dauxois model by molecular dynamics method. Chemical Physics Letters 727 (2019) 55–58.
  19. I.V. Likhachev, V.D. Lakhno. Investigation of DNA denaturation in Peyrard-Bishop-Dauxoismodel by molecular dynamics method. Eur. Phys. J. B (2019) 92: 253. DOI:10.1140/epjb/e2019-90741-6.
  20. Likhachev, I.V., Balabaev, N.K., Galzitskaya, O.V., 2020. Elastic and Non-elastic Properties of Cadherin Ectodomain: Comparison with Mechanical System. Advances in Computer Science for Engineering and Education II, Advances in Intelligent Systems and Computing. Springer International Publishing, Cham, pp. 555–566. https://doi.org/10.1007/978-3-030-16621-2_52 (Без грантов). Без квартиля.
  21. Michail Yu. Lobanov, Ilya V. Likhachev, Oxana Galzitskaya. Disordered Residues and Patterns in the Protein Data Bank. Molecules. 2020 Apr; 25(7): 1522. doi: 10.3390/molecules25071522. Квартиль: наверное, Q3, но я не уверен. У журнала несколько квартилей. https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=26370&tip=sid&clean=0
  22. Шигаев А.С., Лихачёв И.В., Лахно В.Д. Исследование модели ДНК с нелокальной связью в столкновительном термостате Математическая биология и биоинформатика. 2020;15(2):129-137. doi: 10.17537/2020.15.129. ВАК, РИНЦ, Scopus.
  23. Лихачев И.В., Быстров В.С. Сборка фенилаланиновой нанотрубки молекулярно-динамическим манипулятором. Математическая биология и биоинформатика. 2021; 16(2): 244-255. doi: 10.17537/2021.16.244. ВАК, РИНЦ, Scopus.
  24. Chirgadze YN, Battaile KP, Likhachev IV, Balabaev NK, Gordon RD, Romanov V, Lin A, Karisch R, Lam R, Ruzanov M, Brazhnikov EV, Pai EF, Neel BG, Chirgadze NY. Signal transfer in human protein tyrosine phosphatase PTP1B from allosteric inhibitor P00058. J Biomol Struct Dyn. 2021 Oct 27:1-10. doi: 10.1080/07391102.2021.1994879. Epub ahead of print. PMID: 34705594.
  25. Lobanov MY, Pereyaslavets LB, Likhachev IV, Matkarimov BT, Galzitskaya OV. Is there an advantageous arrangement of aromatic residues in proteins? Statistical analysis of aromatic interactions in globular proteins. Comput Struct Biotechnol J. 2021 Nov 1;19:5960-5968. doi: 10.1016/j.csbj.2021.10.036. PMID: 34849200; PMCID: PMC8604681.
  26. Sidorova, Alla, Vladimir Bystrov, Aleksey Lutsenko, Denis Shpigun, Ekaterina Belova, and Ilya Likhachev. 2021. «Quantitative Assessment of Chirality of Protein Secondary Structures and Phenylalanine Peptide Nanotubes» Nanomaterials 11, no. 12: 3299. https://doi.org/10.3390/nano11123299.